Trong loạt đá luân lưu của trận chung kết giữa đội tuyển Việt Nam và đội tuyển Thái Lan, tranh cãi đã xảy ra tại lượt sút thứ sáu. Sau khi cầu thủ Rattikan Thongsombut (Thái Lan) thực hiện không thành công quả đá của mình, Nguyễn Thị Liễu trở thành cầu thủ giữ trọng trách đá quả đá quyết định cho Việt Nam. Thủ môn của Thái Lan tuy đã đẩy được cú sút của Liễu nhưng trái bóng lại bật tay thủ môn và lăn từ từ qua vạch vôi trước khi bị thủ môn, trong nỗ lực cứu thua, đá ra ngoài. Trọng tài chính công nhận đó là cú sút thành công, tuy nhiên trọng tài biên không công nhận khiến trận đấu kéo dài thêm 3 loạt sút nữa. Tại loạt sút thứ 9, phía Thái Lan thành công trong khi Trần Thị Phương Thảo của Việt Nam không thành công khiến đội tuyển nữ Việt Nam mất chức vô địch. Nhiều cầu thủ Việt Nam tỏ ra bức xúc trước quyết định của trọng tài, thậm chí đã có người không muốn lên nhân huy chương bạc để phản đối.[6] Giới truyền thông và người hâm mộ Việt Nam nhìn chung cho rằng đội tuyển của mình "bị trọng tài cướp mất chức vô địch"[7]